"En mis sueños mas inquietos veo ese pueblo Silent Hill "

Por primera vez vemos efectos que nublan la visión o meten al jugador en la mente de la protagonista, Heather, de manera que a parte de añadir cierta dificultad al juego, potencia la tensión y el terror psicológico.

Esta tercera parte cuenta, además, con la aparición de nuevas y espeluznantes criaturas, aparte de la recuperación de algunas como las enfermeras o los perros. A nivel argumental, recupera la trama del Primer Silent Hill y hace hincapié nuevamente en la maldición del pueblo y el culto de Samael.

Silent Hill Lakeside Amusement Park. Una joven, armada con un simple cuchillo, pregunta al aire: "¿Dónde estoy?". La joven camina por ese parque de atracciones que tiene tan poco de divertido. Observa que todo presenta un tono ocre, sanguinolento, y que no parece haber límites reales: todo está sumido en una profunda oscuridad, reina el silencio, paredes y suelo son rejillas oxidadas, y una niebla amarronada, virulenta, envuelve ese lugar. Representaciones de algún tipo de guardián, dentro de una caja de rejilla oxidada, le erizan la piel. Y el traje de un conejo gigante aparece en el suelo, ensangrentado. Al avanzar un poco, la joven comienza a ser consciente de que está en medio de una pesadilla: monstruos enormes sin cara ni forma se aproximan a ella, emitiendo grotescos sonidos. No le queda más remedio que comenzar a subir unas escaleras, en dirección a la montaña rusa. Allí, comenzará a caminar por las vías, sin más alternativa que ir hacia adelante. Pero de repente oirá que el mecanismo está en funcionamiento, y la montaña rusa la embestirá.Heather Mason, joven de 17 años, despierta en el restaurante de un centro comercial. ¿Todo ha sido una pesadilla? ¿Ha estado realmente allí? cansada y confusa.

Tras hablar un momento con su padre por teléfono, Heather nota que alguien la está observando, parece ser detective que, además, desea hablar con ella acerca de su nacimiento. Heather, escéptica, lo ignora y se refugia en el sanitario de mujeres. Cuando traspasa la ventana que da a un callejón trasero y vuelve a entrar en el centro comercial, todo cambio. Ya no parece haber gente en el lugar, el suelo se ve muy sucio, hay poca luz y se oye un murmullo de fondo, como una voz por los altavoces del centro comercial. Heather comienza a pensar que algo grande está iniciando.

No es hasta que la joven se encuentra con una misteriosa mujer, llamada Claudia, que piensa que está sola en el lugar. Al preguntarle sobre lo que está ocurriendo, sobre los monstruos que ha visto por los pasillos y el que ha tenido que matar en una tienda de ropa, ella responde: "han venido a contemplar el principio, el renacimiento del paraíso ignorado por los seres humanos. Tú poder es necesario". Heather es muy escéptica y no cree nada de lo que le dice, pero pronto siente un fuerte dolor de cabeza, y de estómago, cayendo al suelo entre dolores, mientras ve cómo Claudia se va sin dar más explicaciones. El centro comercial va cambiando entonces de apariencia, convirtiéndose en un lugar oscuro y aterrador, lleno de monstruos. Heather deberá hacerles frente para poder escapar; es su único deseo. Finalmente, y tras encontrar serios problemas en el metro de ida a su casa, regresa a su hogar. Sin embargo, algo ha ocurrido: su padre ha muerto... Heather fue criada por Harry Mason, el protagonista del primer Silent Hill. Fue el bebé que Harry se llevó tras destruir a Samael. Harry tuvo que huir tantas veces del culto de Samael, ya que estos ansiaban recuperar al bebé (Cheryl/Alessa), que cambió el nombre de la niña por el de Heather. Harry nunca le explicó a la pequeña su verdadero pasado, pero pensaba que lo único que importaba es que ella creciera feliz. A pesar de todo su escepticismo, Heather sabía que había algo especial dentro de ella (en los primeros lavabos del juego, al mirarse al espejo Heather dice que teme su reflejo, como si hubiera alguien en ella). Y ahora, Harry estaba muerto. Un sicario de Claudia, un monstruo, lo había asesinado. Llena de odio, Heather jura venganza. Claudia huye "al lugar donde comenzó todo". Pronto, Heather sabe que tiene que ir a Silent Hill.

La historia nos va revelando a otros personajes, como Vincent. Este hombre socarrón y de hipócrita sonrisa se topa con Heather en los apartamentos en construcción. A él le fascina el inframundo de Samael, y manifiesta una curiosidad insaciable respecto al poder de ese dios, y todo lo que ello comporta. Parece conocer bien a Heather, y su historia. Al fin y al cabo, Vincent era un párroco del culto a Samael que se desvinculó del mismo, seducido por los placeres terrenales. Jugando a dos bandas, discute continuamente con Claudia Wolf (que en otro tiempo fue monja) al mismo tiempo que pretende hacer suyo el poder de Samael: guía a Heather hacia el hospital Brookheaven para que allí se encuentre con Leonard.

Leonard Wolf Fue el padre de Claudia. Atrapado en el hospital Brookheaven (entendemos que murió allí), su voz pulula por el centro. Confunde a Heather con una hereje, aunque ella logra convencerle que está en contra de Claudia. Leonard la guiará hasta la salida, pero al final, en una discusión en la que Heather manifiesta su ateísmo acerca de la existencia de un paraíso, Leonard se rebela como un enemigo de final de fase. Leonard desea detener a su hija, obsesionada con el renacimiento de Samael, mientras que Leonard piensa en un paraíso sólo para unos pocos elegidos. Tras su derrota, Heather obtiene de él un sello mágico: el sello de Metatron.

Durante el juego, Heather tiene visiones oscuras de sí misma, de una segunda personalidad, tenebrosa, que pugna por salir. Dentro de su cuerpo, concretamente en su útero, se oculta el embrión de Samael. Es ese embrión el que crea los monstruos, el mundo de pesadilla, como el poder de Alessa lo hizo un día. Heather sabe que se acerca su final cuando alcanza la iglesia, más allá del parque de atracciones. Allí, Heather y Claudia hablarán sobre el significado del sufrimiento en la vida. Claudia, que de pequeña sufrió los maltratos de su padre, está obsesionada con la visión de un paraíso sin sufrimiento. Nunca se nos explica cómo ve Claudia el mundo de Samael (desde Silent Hill 2 sabemos que esa dimensión infernal es vista por cada protagonista de manera distina), pero desde luego es algo en lo que cree firmemente. En este punto, se nos da la opción de matar a Claudia o no. Si lo hacemos, el embrión de Samael dentro de Heather la consume y la mata, renaciendo el verdadero Samael (una de las vías en que éste cobre poder es con la ira, de ahí que Claudia mate a Harry). Si le perdonamos la vida y tomamos el contenido del colgante de Heather (que es una pastilla de Aglaphotis, el destructor de parásitos), Heather vomita el embrión. Pero Claudia engulle a "dios", que renace en su cuerpo. Heather deberá enfrentarse a Samael como hace 17 años, se enfrentó Harry Mason.